1、防止工作压力和温度的大幅度转变及其他机械设备振动温度的，忽然转变或是使色谱分析从高空掉下都是会直接影响柱内的添充情况；柱压的忽然增高或减少也会冲动柱内填充料，所以，在调整流动速度时需要慢慢做好，在阀进样时阀的旋转不可以过缓。

　　2、应慢慢更改有机溶液的组合而成尤其是反相色谱中，不能立即从有机溶液更改为所有是水，相反也是。

　　3、通常情况下色谱分析不可以反冲只能生产者指出该柱能够 反冲时，才能够 反冲去除留到柱头的残渣。否则的话反冲会迅速减少分析柱。

　　4、挑选使用适合的流动性相（尤其是pH），以防止稳定相被毁坏。有时候能够 在进样器前边连接一预柱，分析柱是键合硅橡胶时，预柱为硅橡胶，可使流动性相在进到分析柱前事先被硅橡胶“饱和”，防止分析柱中的硅橡胶栽培基质被融解。

　　5、常常用强有机溶液清理色谱分析，消除保存在柱内的残渣。在做好清理时，对流路操作系统中流动性相的换置应以相融溶的有机溶液慢慢过渡，每个流动性相的容积应该是柱容积的20倍前后。

　　7、色谱分析使用操作过程中工作压力增高的根本原因，假如工作压力增高，一个可能是煅烧过滤芯被阻塞，这时候应拆换过滤芯或将其拿出做好清理；另一种可能是生物大分子进到柱内，使柱头被环境污染；

　　8、新的色谱分析在使用一定时间后柱顶填充料很有可能坍塌，使柱效降低，这时候也可加补填充料使分析柱恢复正常。