经常使用的代谢组学分析有关数据库系统有人们代谢组数据库系统、KEGG数据库系统、Reactome数据库系统等，一一详细介绍一下如下所显示：人们代谢组数据库系统(HMDB)是代谢组学受欢迎数据库系统之一，包括人体内发觉的小分子代谢物的详细资料，包括不少于79,650种代谢物内容。SMPDB数据库系统与HMDB关系，包括约七百种人们代谢和病症路径的路径图。KEGG数据库系统是代谢组受欢迎数据库系统之一，包括代谢通路和互作信息网络。Reactome数据库系统关键搜集了整理关键代谢通路信息内容及其关键反应。MassBank数据库系统关键搜集很多高分辨率低代谢组分的谱图。

　　BioCyc数据库包括通路和基因组大数据。METLIN数据库，是商业价值的代谢组及串联质谱数据库，包括有约43000种代谢物和22000个MS/MS谱图。FiehnLib数据库是商业价值的代谢组数据库，包括约1000个保守的代谢分子的EI光谱。

　　NIST/EPA/NIHMassSpectralLibrary数据库也是商业价值的代谢组数据库，包括超出190,000个EI谱图。BioCyc数据库搜集了通路和基因组大数据，能够可免费使用。MetaCyc数据库普遍搜集了很多来源于不一样生物体的代谢通路及其酶的信息内容，囊括了超出51000篇文献。MMCD数据库搜集有超出10000种代谢物的信息内容及其它们的质谱和核磁共振谱大数据，大部分是拟南芥的代谢物。

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